Basel

Selepas menghabiskan sedikit masa bersama pasukan remaja, Rakitić membuat debut untuk pasukan senior Basel pada 29 September 2005 ketika perlawanan Piala UEFA menentang Široki Brijeg. Beliau membuat penampilan pertama di Liga Super Switzerland pada 15 April 2006 ketika Basel menentang Neuchâtel Xamax. Dalam musim pertamanya bersama Basel, beliau telah menjaringkan 11 gol daripada 33 penampilan liga. Beliau juga membuat enam penampilan Piala UEFA dan beliau dinobatkan sebagai pemain muda terbaik pada musim 2006–07 dan juga menerima anugerah Gol Terbaik Tahunan selepas beliau menjaringkan gol cantik ketika menentang St Gallen pada 22 Oktober 2006.[3]

Schalke

Pada 22 Jun 2007, beliau menandatangani kontrak bersama Schalke 04 dengan bayaran sebanyak €5 juta (RM21 juta).

Beliau membuat debut untuk Schalke pada 21 Julai 2007 dalam saingan DFB-Ligapokal menentang Karlsruher SC dan beliau hanya membuat dua penampilan untuk Schalke pada kejohanan itu dan Schalke menduduki tempat kedua. Pada 5 Ogos 2007, Rakitić menjaringkan gol pertama untuk kelab barunya ketika membelasah Eintracht Trier, 9-0 dalam pusingan pertama German Cup.

Pada 10 Ogos 2007, dalam musim baru Bundesliga perlawanan di antara Schalke dan Stuttgart, Rakitić memasuki padang pada separuh masa kedua dan menjaringkan gol pertamanya di Bundesliga selepas hanya tujuh minit berada di padang, dan keputusannya Schalke seri 2-2. Pada 15 September 2007, beliau menjaringkan gol sekali lagi buat Schalke ketika seri 1-1 menentang Bayern Munich.[4] Tiga hari kemudian, Rakitić membuat debut Liga Juara-Juara Eropah tewas 1-0 kepada Valencia. Beliau dan rakna sepasukan Mladen Krstajić digantung dari skuad kerana sebelum perlawanan Schalke menentang Rosenborg, mereka telah ditangkap kerana memonteng latihan dan pergi ke parti lewat malam. Rakitić kemudian mengalami kecederaan pada lutut ketika menjalani latihan untuk menentang Chelsea dan beliau terpaksa berehat selama sebulan.

Selepas beliau pulih dari kecederaan, Rakitić meledak satu gol dan membuat dua hantaran untuk Schalke menang bergaya 3–0 ke atas VfL Bochum[5] lalu Schalke menduduki tempat ketiga liga dan layak ke Liga Juara-Juara musim hadapan. Beliau meneruskan perlawanan bersama Schalke dengan menentang Eintracht Frankfurt, beliau membuat hantaran kepada Mladen Krstajić untuk memberikan gol tunggal Schalke pada perlawanan itu. Dalam jumlah keseluruhannya, beliau menghabiskan musimnya di Bundesliga dengan menjaringkan tiga gol, sepuluh hantaran daripada 29 penampilan.

Sevilla

Pada 28 Januari 2011, Rakitić menandatangani kontrak selama empat tahun setengah bersama Sevilla FC dengan bayaran sebanyak €2.5 juta (RM10 juta).[6] Beliau membuat debut untuk Sevilla pada 6 Februari 2011 menentang Málaga CF. Dalam perlawanan seterusnya menentang Racing de Santander, beliau menjaringkan gol sendiri. Beliau menjaringkan gol pertamanya untuk Sevilla ketika menentang Hércules CF. Beliau terlepas empat perlawanan liga akibat kakinya patah. Beliau menjaringkan lima gol dalam setengan musimnya untuk Sevilla daripada 13 perlawanan sebelum kecederaan kaki.

Ketika La Liga 2011–12, beliau telah membuat 39 penampilan dengan membuat enam hantaran dan menjaringkan satu gol.

Rakitić memulakan La Liga 2012–13 dengan membuat hantaran ketika perlawanan pembukaan menentang Getafe CF. Beliau menjaringkan gol pertamanya pada musim itu pada hari kelima perlawanan menentang Deportivo de La Coruña. Rakitić menjaringkan dua gol ketika menentang pesaing dalam bandar yang sama, Real Betis.[7] Sehingga penghujung musim, beliau membuat 42 penampilan dan menjaringkan 12 gol dan tiga daripanya ketika Piala Sepanyol. Beliau juga membuat sepuluh hantaran. Statistik menunjukkan Rakitić telah mencipta 100 peluang dan kedudukan keempat semua pemain di Eropah yang mencipta banyak peluang.[8]

Dalam permulaan La Liga 2013–14, jurulatih Unai Emery menamakan Rakitić sebagai kapten pasukan baru Sevilla. Beliau menjaringkan gol pertamanya pada musim itu ketika tewas 3-2 di tangan FC Barcelona pada 14 September selain beliau membuat dua hantaran. Beliau juga menjadi Pemain Terbaik Perlawanan ketika Sevilla menang Liga Europa UEFA 2013-14, 4-2 melalui penalti menentang kelab negara jiran, Benfica di Stadium Juventus, Turin, Itali.[9] Beliau juga termasuk dalam Pasukan Pilihan Liga Europa UEFA.[10] Beliau menghabiskan musimnya 2013-14 dengan menjaringkan 15 gol dan membuat 17 hantaran. Dalam Anugerah LFP, Rakitić tercalon dalam anugerah pemain tengah terbaik, di belakang Andrés Iniesta.

Barcelona

Pada 16 Jun 2014, FC Barcelona menandatangani Rakitić dengan kontrak lima tahun bermula pada 1 Julai.[11][12] Rakitić kemudian diberikan jeri nombor 4. Beliau membuat debut untuk Barcelona ketika perlawanan pra-musim menentang OGC Nice pada 2 Ogos. Ketika perlawanan pra-musim menentang HJK Helsinki, Rakitić membuat dua hantaran untuk Barcelona, kelab Catalan itu menang besar 6–0.[13] Rakitić menjaringkan gol pertamanya untuk Barcelona ketika menang besar 5-0 ke atas Levante pada 21 September 2014. Beliau menjaringkan gol itu dari luar kotak penalti.[14]